Tack vare föreningens många fina skärgårdshamnar har långfärdsseglarna en klubbhamn på dagsetappavstånd längs hela sydkusten. Klubben har tio skärgårdshamnar: Kajholmen i öster, längst i väster i den åländska skärgården Abborgrundet. Kajholmen, Högholmen och Ramsskär ägs av NJK och de övriga hamnarna arrenderar klubben.