Inregistreringsavgift är en engångsavgift som uppbärs av båtägare som inför båt i NJK:s båtregister. Inregistreringsavgiften betalas också vid båtbyte. Avgiftens storlek baserar sig på båtens bredd och motorns storlek. Avgiften definieras som 67 euro x bredd + 0,6 euro x hästkrafter, minimiavgift 100 euro.